אין ספק שהאדם שונה מכל יתר הברואים בכך שלאדם ניתנה יכולת בחירה, ולכן הוא זכאי לשכר על טוב בחירתו, ואילו לעונש על העדר הבחירה, בעוד שכל הבריאה מתנהלת ע"פ החוקים והטבע שהבורא ברא, כאשר היא עושה מעשה טוב הרי זה כי כך הבורא טבע בבריאתה, וכאשר היא עושה מעשה רע, הדבר נגרם כתוצאה משורה של חוקים שהבורא טבע בבריאה, שגרמו לנברא לעשות רע. הדוגמא הקלאסית היא כשחיית טרף טורפת אדם, זה טבע ואינסטינקט שטבע הבורא בחיית הטרף. אולם יש גם השפעות שונות שנוצרו בעולם המשפיעות על מעשי החיות, לדוגמא בדור המבול כאשר האנשים השחיתו את דרכם, הדבר יצר אוירה של טומאה בעולם וכל עולם החי השחית את דרכו וטבעו, ולכן כל העולם החי הושמד אף הוא, מלבד אותם בעלי חיים שלא השחיתו את דרכם ואותם הביא הבורא לתיבתו של נח.
אולם האדם הוא היצור היחיד בבריאה שביכולתו לשלוט בטבע ובאינסטינקטים שלו. רק האדם יכול לבחור בטוב או ברע. הרמב"ם (מורה נבוכים ח"א פרק עב) הגדיר זאת כי האדם הוא היצור החי היחיד שאינו יכול לשרוד אם יתנהג לפי טבעו ונטיותיו, בלי להפעיל את שכלו ולשלוט על תאוותיו ונטיתו הטבעית.
למען האמת גם הבחירה של האדם מוגבלת, האדם נמצא באין ספור מצבים שהוא נסחף ועושה דברים שהם מחוץ לגבול הבחירה שלו, אולם ההבדל הוא שלאדם יש כלים לשנות כיוון, להתחיל במעשה קטן שביכולת בחירתו ובאמצעות פעולה טובה זו להתקדם, או חס ושלום להיפך. [הרב דסלר (קונטרס הבחירה מכתב מאליהו ח"א) כתב הסבר מפורט בשפה מובנת לכל - על יכולת הבחירה של האדם]
יש אף מצבי קיצון שבהם האדם התמכר לרע בצורה שכבר אינו יכול לשנות את טבעו, אולם אפילו במצב כזה יש לאדם יכולת לשוב בתשובה ולהתפלל לבורא יתברך שיקבל את תשובתו, ואז הוא נפטר באותו רגע כשהוא זך ונקי - כפי שאירע עם אלעזר בן דורדיא (ע"ז יז.).
