סיפר הרב אהרן שפריי שליט"א: מרן ראש הישיבה בתקופה שלמדתי עם הגאון הרב נתן צבי פינקל זצללה"ה בסדר ג', כאשר הייתה חתונה של בחור מהישיבה, הייתי נוסע עם מרן זצ"ל לחופה וכשחזרנו הייתי אוכל ארוחת ערב בישיבה ומגיע ללמוד בשעה תשע. פעם, בליל ל"ג בעומר התקיימה חתונה והחופה התארכה, כששבנו השעה הייתה רבע לתשע. בשעה תשע נכנסתי לבית רה"י כדי ללמוד וראיתי את רבינו עומד במטבח ולמרות המגבלות הפיזיות הקשות בשל מחלתו מתאמץ הוא לחמם אוכל מבושל שהכינה הרבנית. ידעתי שרה"י נוהג לאכול רק לאחר שאנחנו מסיימים את הלימוד ולא הבנתי מדוע הוא "מתעסק" בסירים. בכח הרצון העל טבעי של מרן זצ"ל הוא הצליח במשימתו ואז פנה לערוך את השולחן בסלון. אזרתי עוז וביקשתי לעזור לו, מרן זצ"ל סירב וענה "העזרה היא שתיטול ידיים!" רק אז הבנתי שרה"י שם לב לשעה המאוחרת בה חזרנו מהחתונה והבין שלא אכלתי ארוחת ערב. כיוון שלא היה איש בבית טרח רה"י בעצמו, הכין את הארוחה, וכדי שארגיש בנוח שינה ממנהגו והקדים את ארוחתו לסעוד עימי יחד. מרן זצ"ל עמד על כך שהוא יגיש ויסדר הכל בעצמו. בסוף הארוחה הלך למטבח והביא לי מנה אחרונה, באומרו: "זה לכבוד ל"ג בעומר". רק אחרי שהשתכנע ששבעתי התפנה להתחיל את הלימוד.
איתא בגמ' סנהדרין (דף ע"ד ע"א) בפרהסיא אפילו מצוה קלה יהרג ואל יעבור, מאי מצוה קלה, אמר רבא בר רב יצחק אמר רב אפילו לשנויי ערקתא דמסאנא (פירש"י: שרוך הנעל), והיינו דיש חיוב יהרג ואל יעבור אפילו על דבר שאינו דין או איסור כי אם מצוה בעלמא.
אולם הרמב"ם (פ"ה מהל' יסודי התורה ה"ב) כתב וז"ל: "ואם אנסו להעבירו בעשרה מישראל יהרג ואל יעבור, ואפילו לא נתכוין להעבירו אלא על מצוה משאר מצות בלבד", והקשה הכסף משנה דמשמע מהרמב"ם דדוקא מצוה אבל לא מנהג, ודלא כהגמ'. , דהנה יש לחקור מרן ראש הישיבה הגאון הגדול רבי בנימין ביינוש פינקל זצוק''לוביאר בגדר מצות קידוש השם, האם הוי מצוה בפני עצמה לקדש את השם בהראותו שהוא מוסר נפשו על קדושת שמו, וזה שייך אפילו בערקתא דמסאנא, שכאשר הוא מוסר את נפשו על דקדוק במנהג ישראל הוא מקדש את השם. אבל אי נימא שאין המצוה של 'ונקדשתי בתוך בני ישראל' מצוה בפני עצמה אלא היא רק מידה ושיעור בחיוב המצוות, שיש מצוות מסוימות שהחיוב לקיימן הוא אפילו אם צריך ליהרג עליהן, בזה ודאי שלא שייך לומר שיהיה חיוב קידוש השם בערקתא דמסאנא שאינו אלא מנהג.
ובזה אתי שפיר דברי הרמב"ם, שהוא סובר דהא דאמרו בגמ' דבפרהסיא אפילו במצוה קלה חייב למסור את הנפש אפילו על ערקתא דמסאנא, לא אמרינן כן אלא אליבא דאביי (שם דף ע"ד ע"ב), אך להלכה פוסק הרמב"ם כרבא (שם) דהוי רק מצוה ושיעור בחיוב מצוות מסוימות, ולפיכך פסק דחיוב קידוש השם הוא רק במצוות ולא במנהג.