רבי טרפון מוזכר 49 פעמים במשנה: 9 פעמים בסדר זרעים. 6 פעמים בסדר מועד. 9 פעמים בסדר נשים. 6 פעמים בסדר נזיקין. 10 פעמים בסדר קדשים. 9 פעמים בסדר טהרות.
