ההתעלמות המופגנת של הגאון בעל ה'מגלה עמוקות' מהאורח הנכבד הייתה עד מהרה לשיחת היום בעיר קרקוב.
הט"ז, רבי דוד הלוי סגל, מחבר הספר 'טורי זהב', שימש באותם ימים רב העיר לבוב (כיום במערב אוקראינה). יום אחד יצא למסע לקרקוב שבפולין, לבקר את חמיו הדגול, רבי יואל סירקיש, הב"ח, מחבר הספר 'בית חדש', ששימש רב העיר.
תלמידי החכמים ונגידי הקהילה של לבוב ליוו את הט"ז בכבוד גדול כברת דרך, עד שנפרדו ממנו וחזרו לעירם. המסע התנהל ימים רבים, והט"ז עצר בכמה מקומות. כאשר התקרב לקרקוב, יצאו יהודי העיר לקראתו, לקבל את פניו.
בתוך כל החגיגה בלטה היעדרותו של רבי נתן נטע שפירא, מגדולי רבני פולין ומחשובי המקובלים, בעל הספר 'מגלה עמוקות'. הוא לא יצא לקבל את פני האורח הגדול.
בתחילה לא ייחס לזה הט"ז חשיבות. אלא שגם כאשר נזדמנו השניים לאותו בית כנסת, התעלם ה'מגלה עמוקות' מהט"ז. הוא לא ניגש לברכו לשלום ואף לא הביט לעברו.
אחרי שלושה ימים כבר היה ברור שיש כאן התעלמות מכוונת, והט"ז הצטער מאוד. בליבו החלה לקנן תרעומת על התנהגותו של ה'מגלה עמוקות' כלפיו.
גם חמיו הצטער מאוד, אך לא רצה להכריע בעצמו בסוגיה. הוא זימן אליו את גדולי תלמידי החכמים בעיר ושיתף אותם בנעשה. מאחר שההתכנסות הייתה בערב שבת, החליטו תלמידי החכמים להתכנס שוב במוצאי שבת, ואז יהיה להם פנאי לדון בעניין ולברר אם יש בהתנהגות זו משום ביזיון תלמיד חכם המחייבת הטלת נידוי.
בחשאי התאספו במוצאי שבת תלמידיי החכמים בבית הב"ח, ומסקנתם הייתה שאכן יש כאן משום ביזוי תלמיד חכם ויש לפרסם כתב נידוי נגד ה'מגלה עמוקות'.
באותו זמן התרחש בביתו של ה'מגלה עמוקות' דבר פלאי. הוא ישב בסעודה שלישית עם עוד יהודים שנהגו לבוא לביתו, ובמהלך הסעודה גילו לו מן השמיים כי הב"ח ושאר גדולי התורה עומדים להטיל עליו נידוי.
ה'מגלה עמוקות' קיצר בסעודתו, עשה הבדלה והחל להתהלך בביתו אנה ואנה, טרוד במחשבותיו.
השוחטים מיהרו אל בית הב"ח. הם באו לביתו בדיוק ברגע שבו עמדו שם לכתוב את כתב הנידוי. בלי להסס ניגשו אל השולחן, תפסו את הנייר וקרעו אותו. "עשינו זאת בפקודתו של ה'מגלה עמוקות' ועלינו לשמוע בקולו", הסבירו.
המתכנסים הסיקו כי מן הסתם חזר בו ה'מגלה עמוקות' מהתעלמותו מהט"ז, והניחו שלמוחרת בבוקר יבוא להקדים שלום לט"ז. מה רב היה הפלא שגם ביום ראשון הוסיף ה'מגלה עמוקות' להתעלם מהאורח וגם ביום שני וכן בשלישי.
רק ביום הרביעי ניגש פתאום ה'מגלה עמוקות' אל הט"ז, הושיט לעברו את ידו ואמר בחיוך לבבי: 'שלום עליכם'.
הט"ז, שנפשו סערה, סירב להשיב לברכת השלום, ובתוכחה גלויה שאל: "על מה ולמה ביזית אותי ברבים ימים רבים כל־כך?".
תחילה ניסה ה'מגלה עמוקות' להתחמק מהשאלה, אך לאחר שהט"ז הוסיף להוכיחו, השיב: "יאמין לי כבודו, שלא היה רצוני לצערכם. הדבר לא נעשה חלילה מתוך זלזול.
"כשיצאתם מלבוב, וההמון הרב ליווה את שיירתכם בכבוד גדול, נכנסה בליבכם נימת גאווה. בתוך כך רצה אחרי מרכבתכם אלמנה ענייה, שבכתה והתחננה שאין לה במה לפרנס את ילדיה הרעבים. ואולם כבודו לא הבחין בה ולא עצר לשמוע את צעקתה.
"האלמנה חזרה לביתה שבורת לב, והיא וילדיה בכו כל אותו היום. הדבר עורר רעש גדול בשמיים, ונגזר עליכם נידוי למשך שלושים יום.
"שלושים הימים הסתיימו היום, ולכן רק היום יכולתי לתת לכם שלום".
הט"ז נדהם. "לא הבנתי כלל מדוע היא צועקת", התנצל. "סברתי שזעקותיה היו על בנה החולה, אך לא ידעתי על מצוקת פרנסתה. אילו ידעתי את מצבה, ודאי שהייתי עוצר ומסייע לה".
(על־פי סיפורו של רבי מרדכי זאב אורינשטיין, שקיבלו איש מפי איש. נדפס בספר 'מגלה עמוקות', למברג, תרמ"ב)