שנות שבת רבינו במאטערסדארף היו שנים בם הנהיג רבנותו ברמה, וכמו שהעיד תלמידו יעב"ץ הלוי (המר דרור ח"ב עמ' ה'): "כי בקהל כקהלתינו מט״ד אשר הי׳ בה גאוני ארץ, והאחרון הכביד רבינו מאוה״ג בעל חתם סופר זצוק״ל, ומי יבא אחרי המלך מלכי רבנן כמותו להנהיג צאן קדשים, והוא אמר כי הלכות רבנות נלמד רק במטד״פ..."
רבינו עלה ונתעלה שם בעמל תורתו ושגב קדושתו, על גודל יגיעתו בשנים הללו מסופר ב'חוט המשולש' (עמ' נו) כי במשך כל שנותיו במאטערסדארף למד במעומד ולא שכב במטה, וכותב: "במאטערסדארף בדירה שלו ראיתי חלון קטן ושם עמד ולמד, ואם תקפה עליו השינה הניח רגליו במים קרים להפיג שינה, וכאשר הרגיש שצריך לישון תמך מצחו על מפתח, וכאשר נפל המפתח הקיץ משנתו, כה הי' שינתו שינת ארעי משך י"ד שנים, ועוד פעולות שונות עשה למען לא ישן יותר מדאי...".
ישיבתו הרמה בעיר מאטערסדארף
כאשר תקע רבינו את אהלו במאטערסדארף, באו עמו בחורי חמד ששתו מבאר תורתו בעיר דרעזניץ, כי היה קשה עליהם פרידתו באהבתם אותו. ובעת שבתו שם ניתוספו ספסלים בבית מדרשו, וישיבתו נתפרסמה לשם ולתפארת בכל רחבי המדינה. אמנם היה זה בבחינת מועט המחזיק את המרובה, כאשר המקום היה דחוק לתלמידים הרבים. וכמו שמתאונן מרן זי"ע באגרת משנת תקס"ה (אגרות סופרים כתבי החת״ס מכתב ז'): "פה [במאטערסדארף] המקום לע״ע דחוק מאד לפני התלמידים עד שירוויח ה׳ לנדחקים".
"מכל פאתי ארצנו ובמדינות הסמוכות, התלקטו אליו תלמידים, בחורים יקרים, לשמוע דבר ה׳... מיום ליום רבו ועצמו מספרם, ובתוכם היו גדולים, אשר האירו אח״כ על שמי ישראל, והתנוססו במקומות מושבותם לגאון ולתפארת" (אלה תולדות עמ׳ 19).
"אבא מאוה״ג קדוש עליון בעל ח״ס זצ״ל, ישב על כסא כבודם [במט״ד] והרביץ תורה שם, והעמיד תלמידים במקומ׳ לאלפים" (ממכתב בעל הכתב סופר אל קהלת מט״ד - איגרות סופרים ח״ג סי׳ כה).
מתלמידיו הגדולים במאטערסדארף
מגדולי תלמידיו שיצאו מישיבתו זו שבמאטערסדארף היו הגה"ק רבי מאיר א״ש אבד״ק אונגוואר [שהגיע עמו מדרעזניץ], הגאון רבי וואלף תרצ׳ס ששימש אח״כ בתור דומ״ץ במאטערסדארף במשך כארבעים שנה, והגאון רבי זלמן באנהארד זצ״ל ראבד״ק פרעשבורג. גם תלמידו החביב הגה"ק רבי פישל סופר זצ"ל הגיע אל מרן זי"ע בגיל י"ד בעת שבתו במאטערסדארף, ולמד עמו כמעט כל ימי שבת מרן שם, חוץ מתקופה אחת שלמד אצל הגאון רבי דוד דייטש בפקודת מרן עצמו [ראה בצוואתו (תולדות סופרים עמ׳ קא) "נפל חלקי להיות מיושבי ביהמ״ד בבית מדרשו של אמו״ר רבן של ישראל מאור הגולה זצוק״ל, לא חדלתי ללמוד אצלו כל ימי חיי עד יום הסתלקותו, חוץ מזמן אחד שהלכתי עפ״י פקודתו ועצתו לישיבת הגאון רבינו דוד דייטש זצ״ל..."]. ועוד כהנה תלמידים מובהקים שהאירו לימים תבל ומלואה.
רבינו הולך בשעות לילה לבחון את דרכי תהלוכות התלמידים
גם בלילותיו במאטערסדארף היו עיניו ולבו מסורים לתלמידיו. וכמו שמספר תלמידו הגה"ק רבי הלל ליכטנשטיין זצ"ל (משכיל אל דל ח״ג עח ע״ב): "ושמעתי ממגידי אמת, כשהיה רבנו הגאון רב ואב״ד במטר״ד במדינת הגר, היה בא במסתרים באישון לילה ובראש אשמורת, והיה מדלג שור לבא לחצרות הבתים האלו ששם הבחורים תלמידיו, כדי להשגיח מן החלונות, לידע מה מעשיהם, אם תורת ה׳ חתולתם, או אם מים גנובים ולחם סתרים, המה חכמות זרות, יונעם להם".
עומדים צפופים ומשתחוים רווחים אף במאטערסדארף
ידוע מה שכתב מרן זי"ע על נס של 'עומדים צפופים ומשתחוים רוחים' שראה בעיניו בחו"ל, ומפורסם הדבר שכונתו היתה על בית מדרש הבחורים שלו בפרעשבורג. אמנם ראה בספר שאול בחיר ה' (עמוד יג) שמספר שנתקיים נס זה גם בבית מדרשו שבעיר מאטערסדארף, והיתה רישומו ניכר שנים רבות לאחר פטירת מרן זצ"ל אצל נכדו בעל חתן סופר [וראה בארוכה מדור 'לבקר בהיכלו' בקובץ 'היכלות' חודש זה].
ומסופר שם שבשנת תרצ"ב ביקר הג"ר שאול בראך זצ"ל במאטערסדארף, והופיע שם בהיכל הישיבה שנהגה תחת נשיאות הגר"ש עהרנפעלד זצ"ל אב"ד מט"ד. ושמע ממנו שלומדים שם עתה מ"ה בחורים, אך לא נשתנה החדר במאומה מכמות שהיה בזמן החתן סופר. ועמד הג"ר שאול כמשתומם ואינו מאמין איך יתכן שבזמנו למדו שם בשופי יותר מארבע מאות בחורים, ולא אמר אדם מעולם צר לי המקום.
"אין זה כי אם שבמקום הקדוש הזה היתה השראת השכינה והיו בו מעין הסגולות שהיו בבית המקדש שמיעוט מחזיק את המרובה". והוסיף "שאולי דבר גדול זה נשאר בבית מדרשו של רבו עוד מימיו של זקנו הקדוש החתם סופר זי"ע", וכמו שכותב בתשובתו "וה' יודע כי עיני ראו חוץ לארץ דבר זה ולא אוכל לפרש מפני פריצי עמנו", ואף שהיתה כונתו לפרעשבורג כידוע, מ"מ "כנראה השאיר החתם סופר ברכה זו לנכדו מורי ורבי הקדוש בעל החתן סופר שגם אצלו הי' מיעוט מחזיק את המרובה".